Site institutionnel du Laboratoire Ampère - CNRS UMR5005

Une priorité scientifique du Département Bio-Ingénierie d’Ampère

Objectif général :

Etudier et exploiter les potentialités d’adaptation et d’évolution des bactéries de l’environnement.

Mots-clés :

Adaptation bactérienne / Evolution des génomes / Métagénomique / Sols /
Transfert horizontal de gènes / Analyse de séquences / Phylochips / Evolution moléculaire / Bioinformatique / Banques de gènes / Ingénierie écologique.

Contact : Graeme Nicol
Lien externe : Environmental Microbial Genomics Group
Vidéo de présentation : voir sur YouTube

Domaines d’applications :

Microbiologie environnementale / Ingénierie écologique (isolement de gènes, dépollution, production d’énergie) / Etudes d’impacts.

Outils et moyens expérimentaux, compétences du groupe :

Microbiologie pasteurienne et moléculaire / Génomique bactérienne / Métagénomique / « Phylochips » et séquençage « haut débit » / Ecologie microbienne / Bioinformatique / Evolution moléculaire / Biologie évolutive / Métagénomique / Transfert horizontal de gènes / Puces à ADN taxonomiques (phylochips).

Production scientifique :

La liste des publications est disponible sur HAL (CCSD/CNRS).
La liste triée par type de communications, depuis 2009, est ici.

Principaux axes de recherche :

Axe 1 : Définir une référence :

• Séquençage exhaustif du métagénome d’un sol de référence « Park Grass, Rothamsted » , Angleterre.
• Développement des outils bioinformatiques appropriés.
• Développement d’une approche génomique sur cellule isolée par marquage de l’ADN avec des nanoparticules.
• Développement d’une approche de « capture » in situ de gènes de bactéries non cultivables
• Inventaire populationnel et fonctionnel des communautés bactériennes

Axe 2 : Adaptation aux métaux lourds, aux composés chlorés, à la sécheresse et aux températures élevées :

• Séquençage partiel des métagénomes de sols soumis à ces types de stress (sites miniers en France métropolitaine et en Nouvelle Calédonie, sols industriels, sols d’Afrique de l’Ouest).
• Inventaire populationnel et fonctionnel du potentiel d’adaptation.
• Implication du transfert horizontal de gènes. « Gene shuffling » in vitro et in vivo.
• Expression génique in situ
• Recherche et utilisation de bio-indicateurs

Axe 3 : Régulation du transfert horizontal de gènes :

• Recherche de « hot spots » environnementaux des THG (residuesphere, rhizosphere, lombriciens amibiens, microsites).
• Implication des différents mécanismes (transformation, conjugaison, électro-transformation).
• Mécanismes de régulation biotiques et abiotiques.

Axe 4 : Applications en ingénierie écologique

• Biopiles (Microbial fuel cells)
• Impact des OGM et de l’utilisation des antibiotiques
• Isolement de gènes d’intérêt industriel
• Caractérisation de bioindicateurs