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Accueil > La recherche > Département Bioingénierie > Priorité B1 : Exploration des communautés bactériennes en relation avec leur environnement

Priorité B1 : Exploration des communautés bactériennes en relation avec leur environnement

Objectif général :

Etudier et exploiter les potentialités d’adaptation et d’évolution des bactéries de l’environnement.

Mots-clés :

Adaptation bactérienne / Evolution des génomes / Métagénomique / Sols /
Transfert horizontal de gènes / Analyse de séquences / Phylochips / Evolution moléculaire / Bioinformatique / Banques de gènes / Ingénierie écologique.

Contact : Pascal Simonet
Lien externe : Environmental Microbial Genomics Group
Vidéo de présentation : voir sur YouTube

Domaines d’applications :

Microbiologie environnementale / Ingénierie écologique (isolement de gènes, dépollution, production d’énergie) / Etudes d’impacts.

Outils et moyens expérimentaux, compétences du groupe :

Microbiologie pasteurienne et moléculaire / Génomique bactérienne / Métagénomique / « Phylochips » et séquençage « haut débit » / Ecologie microbienne / Bioinformatique / Evolution moléculaire / Biologie évolutive / Métagénomique / Transfert horizontal de gènes / Puces à ADN taxonomiques (phylochips).

Production scientifique :

La liste des publications est disponible sur HAL (CCSD/CNRS).
La liste triée par type de communications, depuis 2009, est ici.


Principaux axes de recherche :

Axe 1 : Définir une référence :

  • Séquençage exhaustif du métagénome d’un sol de référence « Park Grass, Rothamsted » , Angleterre.
  • Développement des outils bioinformatiques appropriés.
  • Développement d’une approche génomique sur cellule isolée par marquage de l’ADN avec des nanoparticules.
  • Développement d’une approche de « capture » in situ de gènes de bactéries non cultivables
  • Inventaire populationnel et fonctionnel des communautés bactériennes

Axe 2 : Adaptation aux métaux lourds, aux composés chlorés, à la sécheresse et aux températures élevées :

  • Séquençage partiel des métagénomes de sols soumis à ces types de stress (sites miniers en France métropolitaine et en Nouvelle Calédonie, sols industriels, sols d’Afrique de l’Ouest).
  • Inventaire populationnel et fonctionnel du potentiel d’adaptation.
  • Implication du transfert horizontal de gènes. « Gene shuffling » in vitro et in vivo.
  • Expression génique in situ
  • Recherche et utilisation de bio-indicateurs

Axe 3 : Régulation du transfert horizontal de gènes :

  • Recherche de « hot spots » environnementaux des THG (residuesphere, rhizosphere, lombriciens amibiens, microsites).
  • Implication des différents mécanismes (transformation, conjugaison, électro-transformation).
  • Mécanismes de régulation biotiques et abiotiques.

Axe 4 : Applications en ingénierie écologique

  • Biopiles (Microbial fuel cells)
  • Impact des OGM et de l’utilisation des antibiotiques
  • Isolement de gènes d’intérêt industriel
  • Caractérisation de bioindicateurs

Le logiciel risaAligner

Le logiciel risaAligner aide à l’exploitation de données obtenues par Ribosomal intergenic spacer analysis (RISA). En particulier, il permet d’analyser de manière pertinente les données obtenues avec différentes puces en éliminant les biais expérimentaux.

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Publications du groupe GME du Département Bioingénierie d’Ampère, depuis 2009

Listes triées dynamiquement extraites de HAL (CCSD/CNRS)} - 2009 à ce jour.

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